180-metrowe przejście podziemne zlokalizowane jest 8,5 metra poniżej poziomu stacji. Z peronów do tunelu prowadzą schody ruchome oraz windy. Na ścianach pojawiły się również murale o łącznej powierzchni 550 mkw., przedstawiające historię polskiej kolei oraz Warszawy. Nowo powstały mural jest już czwartą tego typu realizacją wykonaną przez PORR w ramach realizacji inwestycji kolejowych. Poprzedzają go murale powstałe w ramach modernizacji linii kolejowej E30, LK131 LOT A Chorzów Batory – Nakło Śląskie, LK93 Oświęcim – Czechowice-Dziedzice.Początek formularzaDół formularza

Częścią modernizacji stacji Warszawa Gdańska była także kompleksowa przebudowa peronów. Powstały nowe nawierzchnie, zamontowano windy, schody ruchome oraz zadaszenia. Stację wyposażono także w nowoczesny system informacji pasażerskiej, monitoring oraz nowe nagłośnienie. Powstały nowe wejścia do tunelu od strony ul. Słomińskiego oraz ul. Ks. Romana Indrzejczyka, a dostęp do peronów zapewniono zarówno schodami jak i windami.